Полтавська філія НУХТ є відокремленим структурним підрозділом Національного університету харчових технологій.
За наказом Міністерства освіти і науки України №62 від 14.02.2001 р. на базі Полтавського технікуму харчових технологій створено навчально-консультаційний центр у структурі Українського державного університету харчових технологій. Після перейменування Українського державного університету харчових технологій в Національний університет харчових технологій за наказом Міністерства освіти і науки України № 64 від 03.04.2002 р., Навчально-консультаційний центр набув назву Полтавський навчально-консультаційний центр Національного університету харчових технологій.
За наказом Міністерства освіти і науки України № 278 від 04.04.2007 р. Навчально-консультаційний центр перейменовано у Полтавський заочний факультет Національного університету харчових технологій (НУХТ).
За наказом Національного університету харчових технологій № 17 від 27 лютого 2013 р. Полтавський заочний факультет Національного університету харчових технологій перейменований на Полтавський регіональний навчально-науковий центр Національного університету харчових технологій (ПРННЦ НУХТ).
За наказом Національного університету харчових технологій № 64 від 16 квітня 2015 року на підставі листа МОН України від 14.01.2015 р. № 4/4-20-37-15 Полтавський регіональний навчально-науковий центр НУХТ реорганізовано у Полтавську філію Національного університету харчових технологій (ПФ НУХТ).
Полтавська філія НУХТ діє за ліцензією базового навчального закладу, виданою Міністерством освіти і науки України від 28.07.2014 р. серія АЕ № 458728 з додатком по відокремленим структурним підрозділам.
У 2004 році відбувся перший випуск спеціалістів за освітньо-кваліфікаційним рівнем “бакалавр”, а у 2005 році — за освітньо-кваліфікаційним рівнем “спеціаліст”.